自从双名单出来以后，就在网引起了轩然大波，网络上的争议持续不断。争议主要集中在双大学的标准是什么?为什么有些实力强的大学、学科没有入选，而有些实力稍差点的却入围了。还有的网友说双是不是对“”、“”的全盘否定吗?，答案当不是，“”是面向21世纪、重点建设100所左右的高等学校和一批重点学科的建设工程”，三个数字代表21世纪，和100所高校。建设的主体还是“大学”而非学科，因为学校数量有具体要求，而学科没有要求。“”、“”代表着对于现在高校办学水平的认可，以及过去从和地方政府层面对于教育的资源和资金投入，双，象征着对未来的资源投入和美好憧憬。

　　无论“”还是“”，这两个工程的建设重点都是大学，而不是学科，而双就不同了，建设的重点同时放到了大学和学科的身上。

　　双的公布是科技战略布局的体现，并不只是以往高校传统优势学科的重申，公布的学科就是将来支持的科技重点或是亟待加强的学科。

　　拿中国海洋大学来举个例子，海大在39所学校里排名相对靠后，为什么会排在36所A类之中?那是因为她有两个国宝级学科，一是海洋科学二是水产。中国是海洋大国，海洋占地球的比例大家应该都知道吧!21世纪就是海洋的世纪，人类现在几乎把陆地探索遍了，陆地的能源也就那么多了，但对海洋还有太多的未知领域和能源等等。

　　所以这就是海大的学科优势，清华北大都无法相比。学校拥有东方红1.2.3号三条科学考察船，每次南极考察，蛟龙号深潜，可燃冰开采等研究都是中科院海洋所和海洋大学共同参加，加上青岛的地域优势，在中国是独树一帜的。